Hatte mal ein ähnliches Problem mit einem Nitrado Ark Server. Musste den Server komplett platt machen, da ein Backup zurück spielen nicht mehr funktioniert hat und der Server nicht mehr online kam.. Neuinstallation geht im Nitrado Web Interface eures Servers bei der Auswahl (Spiel Wechseln). Dort kannst du den Ark Server entweder deinstallieren oder neu installieren. Vorher natürlich alle Savegames und Konfigurationsfiles per FTP Webinterface sichern und nach der Neuinstallation wieder aufspielen.
Vielleicht hilft das ja. 
Gruss